解放前属合肥南区晓星乡。
解放后1955年成立高级社，南斗属烟墩施河乡。
1956年南斗属晓星合作社、1958年成立合巢人民公社，南斗大队属晓星管理区。
1961年晓星管理区划分为大圩、晓星两个人民公社，南斗村属晓星人民公社。
1966年文革开始，南斗大队改名为年丰大队。
1968年大圩、晓星两乡合并成立东方红人民公社，南斗村属东方红公社。
1972年东方红公社又分为大圩晓星两社，南斗村属晓星人民公社。
1978年合肥市去规划调整，晓星公社划为合肥市郊区，南斗属合肥市郊区晓星公社。
1983年社改乡，南斗大队改为南斗村民委员会。
1992年，大圩、晓星两乡再次合并成立大圩乡。
2007年乡改镇，南斗村名一直沿用至今。