解放前，晓南村属于合肥南区晓星乡，1955年成立初级农业合作社，为烟墩区晓南大队，1956年成立高级农业社，为晓南大队，1958年成立合巢人民公社，晓南属晓星管理区，1961年，晓星管理区划分为大圩、晓星两个人民公社，晓南属大圩人民公社，1968年大圩、晓星两个合并，成立东方红人民公社，晓南属东方红人民公社，1972年东方红公社又分为大圩、晓星两个公社，晓南大队属大圩公社，1978年合肥市区划调整、大圩、晓星等公社划归合肥市郊区，晓南大队属合肥郊区大圩公社管理。
1983年社改乡成立大圩乡，晓南大队改为晓南村委员会，1992年大圩晓星再次合并成为大圩乡。
2007年乡改镇，晓南村政体至今未变。