炎黄时代帝喾（黄帝曾孙）代颛顼为帝，都于亳（今亳州市）。
夏朝境西北为有虞氏，东南为涂山氏。
商汤建立商朝，都亳。
周初亳州境内置焦国。
秦代隶泗水郡，后隶砀郡。
西汉时期地隶沛郡。
东汉时期隶豫州沛国。
北周大象元年（579），始改南兖州为亳州。
唐开元年间，诏以亳州为“望”州府之一。
五代时期亳州先后置宣武军、防御州、团练州。
北宋大中祥符年间，升为集庆军，置节度使。
元代改属河南江北行中书省归德府。
明初亳州改隶凤阳府。
清雍正二年（1724），亳州升为直隶州。
1912年，亳州改为亳县。
1948年8月，成立亳州市。
1949年2月，市县合并，恢复亳县建制。
1986年，撤销亳县，设立亳州市（县级）。
2000年，撤销县级亳州市，设立地级亳州市。