1949年10月新中国成立后，成立高祖行政村隶属高祖乡，村址设在高祖集自然村；1956年更名为高祖高级社；1958年10月“正社合一”，更名为高祖生产大队，隶属善厚人民公社；1984年4月，撤乡并设，更名高祖行政村，同年底更名为高祖村村民委员会，隶属善厚乡；2001年9月，因行政区划调整，撤销善厚乡设立善厚镇；2004年9月，由双山、高祖两个村民委员会合并为高祖村村民委员，隶属善厚镇；2006年4月，高祖村、港口村两个村民委员会合并为高祖村村民委员会，隶属善厚镇。