东晋安帝义熙年间（405～418），废皖县置怀宁县，属晋熙郡；隋初废郡置州，晋熙郡更名为熙州，怀宁县属熙州；大业三年（607），属同安郡；唐武德四年（621），同安郡更名为舒州；天宝元年（742）改舒州为同安郡；至德二年（757）改同安郡为盛唐郡；乾元元年（758）改盛唐郡为舒州，怀宁县属之；北宋至道三年（997），属淮南路；政和五年（1115），属德庆军。
南宋绍兴十七年（1147），改德庆军为安庆军；庆元元年（1195），升安庆军为安庆府，怀宁县属安庆府管辖；元至元十四年（1277），安庆府更名为安庆路。
明初安庆路更名为宁江府；洪武六年（1373），宁江府更名为安庆府，怀宁县先后属之；清顺治二年（1645），属江南省安庆府；十八年（1661），属江南左布政使司安庆府；清康熙六年（1667），改江南左布政使司为安徽布政使司；乾隆二十五年（1760），安徽布政使司自江宁移治安庆府，怀宁属安庆府；1912年，怀宁县直属安徽省；1914年，属安庆道；1928年8月，直属安徽省；1932年，建立行政督察专员公署，属第一专区；1945年抗日战争胜利后，属安庆专区；1946年仍属第一专区；中华人民共和国初期，设皖北、皖南行署，属皖北行署；1952年7月，成立安徽省，属安徽省安庆专区；1970年，属安庆地区；1988年，安庆地区、安庆市合并成新的安庆市，属安庆市管辖至今。