民国年间置马厂乡马厂保；1949年废除保甲制，置城关区马厂乡；1952年置马厂区马厂乡；1955年成立马厂农业生产合作社；1961年成立马厂公社马厂大队；1984年体制改革，全面恢复乡级建制，更名为马厂乡马厂村。
1992年撤区并乡，原城关区城关镇与马厂、晨光、移湖、迎松四乡合并，组建新城关镇，马厂村直属城关镇。
2003年，马厂村与鱼台村合并，组建马厂村委会；2004年城关镇更名为庐城镇，马厂村属庐城镇；2005年，马厂村与福泉村合并，组建新马厂村村民委员会，隶属庐城镇。