春秋战国时期境为棠邑。
两晋时期属顿丘县。
陈太建七年（575），移盱眙的北谯州于新昌城，始称南谯州。
隋代为新昌县，后改为清流县，为滁州治。
明洪武二十二年（1389），为滁州直隶州。
1912年，实行省管县，废滁州为滁县。
1914年6月，属安庆道，10月属淮泗道。
1928年8月，废道，直属安徽省。
1943年2月，全椒县部分区乡划入，改为滁全县，11月复为滁县。
1945年8月，复置滁全县。
1949年，滁城解放。
1949年，中华人民共和国成立之后，滁县属皖北人民行署滁县行政区。
1952年4月，属安徽省滁县专区。
1956年1月，撤销滁县专区，改属安徽省蚌埠专区。
1961年3月，复属滁县专区。
1973年3月，属安徽省滁县地区。
1982年11月，国务院批准撤销滁县，以原滁县行政区域改设滁州市（县级），区域属滁州市。
1982年2月，正式建立县级滁州市，隶属安徽省滁县地区。
1992年12月20日，撤原滁州市，设南谯区。