朱仙庄前身为宿县三铺公社，驻三铺村。
1982年撤销三铺公社，成立三铺区，隶属宿县。
1984年6月，撤销三铺区成立朱仙庄建制镇，镇址迁到朱仙庄村，行政辖区不变，辖朱仙庄、镇东、三铺3个街道和二郎、后场、新河、二铺4个乡。
1992年2月，撤掉4乡3街道，直管40个行政村。
1992年12月，宿县、宿州市（县级）合并成立宿州市（县级），朱仙庄镇隶属宿州市。
1998年12月，撤地建市，撤销县级宿州市，设埇桥区，朱仙庄镇隶属埇桥区。