瑶海区始建于1949年2月1日成立的合肥市第一、第二直属镇。
1951年，析合肥市第一、第二直属镇置合肥市车站区。
1960年，更名为东市区公社，因位于合肥市区东部得名。
1968年5月18日，东市区人民公社撤销，改成立东市区人民政府。
1980年1月，恢复合肥市东市区名称和建制。
2001年9月，瑶海街道析置为瑶海、方庙街道。
2002年3月，原东市区更名为瑶海区。
2009年10月，合肥龙岗综合经济开发区移交瑶海区管理。
2011年4月，长丰县三十头镇划归瑶海区，并委托新站综合开发试验区代管。