东汉后，镇域曾名击头店、栗头店。
北宋时，易名为栎头镇。
明宣德年间又称栗头仓，明正德时又改叫栗店、栗头坡。
1949年后,镇域设有西刘公社、九龙公社，归原县级阜阳县华佗区管辖，其中九龙公社原驻地龙王堂。
1975年8月，镇域遇洪水，将原九龙公社迁九龙沟附近。
1976年2月成立九龙公社。
1976年6月在九龙沟附近兴集，称为九龙集。
1979年建区划社时，由原九龙公社划出北部8个大队建社，沿用九龙公社名称，隶属华佗区。
1983年改称九龙乡。
乡政府驻地栗头店。
1989年2月，镇域成立九龙乡、西刘乡。
1992年1月撤区并乡将九龙乡、西刘乡合并成立九龙镇。
1996年九龙镇辖16个村，即五坑、庙西、庙前、姬庙、南竹园、刘竹园、西刘、栗头、张庄、叶寨、陈桥、刘湾、李竹园、姚庄、龙王、温庄。
1999年1月，栗头村分为栗头村和九龙居委会，五坑村分为五坑村和老王营村，变为18个村。
2006年12月，村级区划调整撤并为8个村委会和1个居民委员会，即原九龙居委会、张庄、栗头三村撤并为九龙居委会，原五坑、老王营二村撤并为五坑村，原庙前、庙西二村撤并为庙前村，原南竹园、刘竹园撤并为刘竹园村，原叶寨、陈桥二村撤并为叶寨村，原李竹园、刘湾二村撤并为李竹园村，原龙王、温庄、姚庄撤并为龙王，西刘和姬庙二村保留。
2010年九龙镇辖8个村委会和1个居委会。