1948年设马寨乡；1958年10月属大田人民公社；1961年1月成立马寨人民公社；1969年撤区并社，成立马寨大公社；1979年10月设欧庙、马寨两个公社，属华佗区管辖；1983年3月恢复马寨乡；1992年2月撤区并乡时仍设马寨乡，属阜阳市；1996年1月阜阳撤地设市属颍州区。
2006年10月，马寨乡辖有朱大庄村、何庄村、宋庄村、宋寨村、马老郢村、申郢村、皮楼村、蔡竹园村、庙东村、大姚村、姚楼村、前孟村、姚老家村、寺西村、欧庙村、园里村、张小庄村、姚寨村、大牛村等19个村和1个马寨居委会。
2018年末，辖马寨居委会和朱大庄村、宋寨村、申郢村、皮楼村、庙东村、姚楼村、姚老家村、欧庙村、张小庄村等9个村。