镇政府驻地清末时为阜阳至焦陂的过路店，1904年兴集，因王姓住户居多，故名“王店”。
1948年10月阜阳市成立，设立王店区，辖王店、东清、西清、岔路口4乡。
1949年属许堂区。
1950年5月设立王店区，下辖16个乡；1958年10月撤销王店区，成立王店人民公社；1962年1月恢复王店区建制；1969年3月撤销王店区，再置王店人民公社；1979年8月恢复王店区，辖9个人民公社；1983年7月所辖公社均改乡；1981年2月成立王店区公所；1985年2月王店乡改为镇；1992年2月撤区并乡时，原王店镇、西清乡、十二里庙乡、韩寨乡合并为王店镇。
2005年丁寨村划归京九街道。
2006年区划调整中,唐郢村、肖郢村、张大郢村划归京九街道，其余27个村合并为14个村1个居委会，即韩寨村与金庄村合并为韩寨村，胡庙村、胡庄村、方王村合并为胡庙村，连三村与新庄村合并为连新村，王店村与部寨村合并为王店居委会，郭庄村与原王店村的一部分合并为余庄村，杨郢村与宋郢村合并为双郢村，王寨村与唐庄村合并为王寨村，刘新庄村与陈营村合并为刘新庄村，张庄村与众寺村合并为新建村，朱桥村与宁小村合并为宁小村，桃花村与大任庄村合并为桃花村，十八里村与卢庄村合并为卢庄村，顾庄村、十二里村、高棚村三个村区划没有变动。