百善镇镇域上东廓、下东廓两村之西在西汉元封元年（前110年）是上谷郡昌平县治所。
民国三十七年（1948年）12月12日，属昌顺联合县第十区。
1949年8月，属昌平县第三区。
1950年2月，分属昌平县二区、四区，各自然村建村政府。
1953年7月，村政府撤销建乡，百善乡辖百善、孟祖2村，狮子营乡辖良各庄、泥洼、钟营、狮子营4村，牛房圈乡辖吕各庄、半壁街、二德庄、牛房圈4村，属四区。
上东郭、下东郭2村属辛立屯乡，东沙屯属王庄乡，属二区。
1956年2月，百善、狮子营、牛房圈3乡合并为百善乡。
东沙屯、上东郭、下东郭属松兰堡乡。
1958年，属红旗人民公社又属小汤山公社，各乡称工作站。
1960年1月，属昌平县。
1961年5月，成立百善人民公社。
1982年7月，百善公社改乡。
1997年，撤乡改镇，辖现域。