民国三十七年（1948年）12月，崔各庄地区先后属共产党领导的河北省平北专署昌顺联合县九区和北京市第十四区、第九区、第十三区。
民国三十八年（1949年）8月，大部分划归河北省通县。
1956年，通县辖崔各庄、北皋等22村复划归北京市，属东郊区孙河乡。
1961年6月，崔各庄地区设管理站，下辖各村均称生产大队。
1965年，崔各庄管理站改管理区，辖8个生产队。
1974年，崔各庄管理区改生产大队，1984年，公社改乡，崔各庄为朝阳区二级乡，仍归农场系统管理。
1998年，属朝阳区和平农村办事处。
1999年，撤销和平农村办事处。
2004年5月，南皋乡并入崔各庄乡，同时成立崔各庄地区办事处，与崔各庄乡实行“一套人马，两块牌子”。