青云店镇属京南古镇之一，历来市肆繁华，商旅凑集，有各式大小门店200余家。旧有古刹德云寺、东岳庙，现已无存。1958年镇南庙内发现残存辽代经幢两节，其上镌有“大辽安次县北徐里”等文字。辽时称北徐里。因地处今永定河东，水源充沛，土地肥沃，清康熙年间改称“青润店”。光绪年间称青云店，有“京南巨镇”之称。
1991年为镇建制。位于大兴县东部，距黄村东南16公里。镇域面积40.17平方公里，南北长6.5公里，东西宽7公里，略呈方型。东部与长子营乡、朱庄乡交界；西连魏善庄、垡上乡；南部与安定镇毗邻；北部与红星区太和乡、北京市通县接壤。辖31个行政村。全镇5119户，22735人。1997年底，镇域面积40.17平方公里。辖31个行政村。有7284户，21826人，其中非农业人口1221人。2000年合乡并镇，垡上乡并入青云店镇。镇政府驻地青云店村西北。
至2010年底，辖域面积70.3平方公里。位于大兴区东部。东与长子营、通州马驹桥镇接壤；西与黄村镇相接；南与安定、魏善庄二镇为邻；北隔通黄公路、新凤河与瀛海、西红门二镇相望。辖49个行政村。户籍人口34342人，流动人口36554人。