明清时期，魏善庄地区分属顺天府大兴县礼贤、黄村巡检司。
1949年，属河北省大兴县第一区、第三区、第四区。
1958年，建魏善庄乡，驻魏善庄村。
1958年5月29日，大兴县改区。
1958年8月，魏善庄乡改为大兴区第一个人民公社。
1958年9月7日，划归安定人民公社。
1960年1月7日，恢复大兴县。
1961年4月，安定公社析为安定、礼贤、魏善庄3公社。
1974年3月，魏善庄公社析设半壁店公社。
1983年7月，公社改乡。
2000年3月，魏善庄、半壁店2乡合并为魏善庄镇，驻魏善庄村（2002年5月迁至西南研堡村西侧）。
2001年1月9日，大兴县改区，魏善庄镇属大兴区。