亦庄地区原属南海子皇家苑囿的一部分，清末逐渐形成村落。
民国二年（1913年），亦庄地区属直隶省冀州（今河北省）大兴县。
1953年6月，鹿圈乡成立。
1958年6月，鹿圈乡并入南郊农场。
1963年年初，朝阳区十八里店公社的大羊坊南北村、小羊坊、康村4个村队划入红星公社亦庄大队。
1983年10月，红星人民公社撤销。
1984年5月，亦庄乡成立。
2000年3月，亦庄、鹿圈2乡合并为亦庄镇。
2005年6月，设亦庄地区办事处，与亦庄镇实行“一套人马，两块牌子”。