窦店镇战国时期为中都县治地。
秦至后唐时期为良乡县治地。
明代中期为窦店里。
民国五年（1916年），窦店镇属良乡县第五西二区。
1949年，窦店镇属良乡县七区。
1956年，窦店属良乡县窦店回民自治乡、交道乡。
1958年，窦店属周口店区琉璃河人民公社窦店管理区、交道管理区。
1960年，窦店镇属房山县。
1961年，窦店镇属窦店人民公社、交道人民公社。
1983年，窦店公社改乡。
1989年，窦店乡改镇。
2001年，合乡并镇，交道镇并入窦店镇。