周口店镇在清朝时期（1644年-1911年）为周口里；民国五年（1916年），属房山县二区。
1949年，周口店镇属房山县七区。
1952年，周口店镇属京西矿区周口店小区。
1953年，周口店镇属京西矿区周口店乡。
1956年，周口村乡并入周口店乡。
1958年2月，西庄、新街2乡并入周口店乡；5月，划归周口店区，并入城关人民公社。
1960年，周口店镇属房山县。
1961年，城关人民公社改周口店人民公社；7月，设周口店乡。
1963年，周口店乡改镇。
1968年，周口店镇并人周口店人民公社。
1983年，周口店公社改乡。
1989年，撤乡设周口店地区办事处。
1993年，黄山店乡、长沟峪办事处划入周口店地区办事处。
2000年，在周口店地区办事处设周口店镇。