由石垭村和永乐2、3、4、5组合并而成。
1950年9月为石垭村名为中心村，与永乐村一道属龙潭乡。
1953年，龙潭乡析置大同乡，中心村属龙潭乡，永乐村属大同乡。
1955年大同乡等4乡并入龙潭乡，中心、永乐村均属龙潭乡。
1958年公社化后改称中心大队、永乐大队，均属龙潭公社。
1962年复置大同公社后，中心大队属龙潭公社、永乐大队属大同公社。
1981年中心大队更名为石垭大队。
1984年乡村建制恢复后，石垭村属龙潭乡、新乐村大同乡。
1985年3月，撤销龙潭乡设立龙潭坝镇后，石垭村属龙潭坝镇，永乐村属大同乡。
1992年9月，龙潭坝镇更名为龙潭镇、大同乡并入龙潭镇后，石垭、永乐村均属龙潭镇。
2002年12月，将石垭村和永乐2、3、4、5组合并为石垭村，并设立村民委员会。
仍属龙潭镇至今。