清康熙年间（1662年—1722年），始建万古场；清雍正六年（1728年），属合州来苏里；清光绪三十二年（1906年），属龙多乡。
民国十五年（1926年），设万古乡，属第七区。
民国二十年（1931年），改万古乡为万古镇。
民国二十一年（1932年），属第四区。
民国二十八年（1939年），凤凰乡并入万古镇，更名为万凤镇。
民国三十年（1941年），撤万凤镇，分设为万古乡、凤凰乡。
1958年9月，万古乡改为万古公社，兴隆乡并入万古公社。
1959年12月，由万古公社析设兴隆公社。
1981年3月，万古公社改为燕窝公社。
1983年，由燕窝公社改为燕窝乡。
1991年7月，由燕窝乡改为燕窝镇。
2005年4月，合隆镇并入燕窝镇。