清初，境域属江津县笋溪里；清康熙三十三年（1694年），境域属八都；清宣统二年（1910年），境域属八政乡三团。
民国十年（1921年），属八区三团。
民国二十四年（1935年），实行保甲制，属三区慈云联保。
民国二十九年（1940年），撤销联保，属三区罗坝乡。
民国三十年（1941年）4月，由罗坝乡析置慈云乡。
1961年春，慈云乡改为慈云公社。
1984年3月，由慈云公社改为慈云乡。
1993年12月，由慈云乡改为慈云镇。
2001年3月，刁家乡并入慈云镇。