明代属巴县石洞里，清乾隆间属巴县慈里六甲，离巴县主城八十里；在此建场，名“甶子场”（同治《巴县志》讹作“白子场”。
“甶”原义为“鬼头”，此处音义用同“福”。
“甶子”大约是“福至”之意）。
场期三六九，同治以后易名“福寿场”。
1929年设巴县福寿里。
1930年6月建福寿乡。
1935年改称福寿联保。
1940年与石坝联保合并建福石乡。
1941年分设福寿、石坝乡。
1954年江津县福寿乡所属街境划归巴县福寿乡。
1955年6月撤销四楞、龙云、李子、黑岩4个村，增设天鹤村。
1958年9月建福寿公社，次年2月改称福寿管理区。
1960年12月复称福寿公社。
1963年3月增设和平村。
1982年10月复名福寿乡。
1984年8月更名为巴福乡。
1993年12月撤巴福乡建巴福镇。
1995年3月从巴南区划入九龙坡区。
地名自得名沿用至今。
2020年1月1日起，巴福镇全域被纳入重庆高新区直管园范围。