全境原属巴县。
1939年，石桥铺、杨家坪等划入重庆市。
1950年10月，以旧第八区、十七区合并组建重庆市第四区，区人民政府驻大坪。
1952年，化龙桥、大坪、歇台子、石桥铺、黄沙溪、遗爱祠6街道和石桥、黄泥、歇台3乡划出，李家沱、土桥、马桑溪（茄子溪）3街道和南泉、花溪、建胜、八桥等乡划入，区人民政府驻地迁至李家沱。
1955年，以境内长江段有“九石翘首若龙”（乾隆《巴县志》）的九龙滩定名重庆市九龙坡区。
1965年，九宫庙、新山村、跃进村3街道划出建大渡口区。
1988年，区人民政府驻地迁至杨家坪。
1995年，李家沱、南泉、建胜等划出，原巴县白市驿、含谷、走马、金凤、陶家、巴福、西彭、铜罐驿8镇和石板乡，沙坪坝区石桥铺街道、石桥镇划入。