清末民初为浦里南门场甲，1930年，置南门场乡。
1935年，改为南门场联保。
1938年析西南部置东阳山联保。
1940年设乡废联保，并东阳山、南门场为南门乡，1941年析置东阳乡。
1953年分为南门为新浦、协和、和平。
芙蓉、莲池5乡和南门镇。
1956年11月，5乡1镇再合并为南门乡。
1958年为南门公社，1962年，析置花林公社。
1984年，改为南门乡。
1992年9月改乡为镇，同时东阳、万里2乡并入南门镇。
2005年8月，花林乡并入南门镇。