春秋时期南川为巴国属地。
战国时期属楚国枳县。
秦统一后，属巴郡枳县。
汉承秦行郡县制，属益州刺史部巴郡枳县。
隋开皇三年（583），改郡为州，以州统县，属渝州巴县。
唐贞观十一年（637），从巴县分出始置隆化县，隶属山南道涪州。
北宋熙宁八年（1075），置夔州路南平军，隆化县隶南平军。
元至元二十二年（1285），置南川县，隶属四川行中书省重庆路总管府管辖。
明洪武十年（1377），南川县省入綦江县，三年后即复置。
清康熙元年（1662），南川隶四川省重庆府。
1912年，南川县隶属四川军政府。
1935年，南川县隶属第八行政督察区。
1950年，南川县隶属西南军政委员会川东行署涪陵专区。
1968年，改专区为地区，南川县隶属四川省涪陵地区。
1994年4月，撤销南川县，设立南川市（县级），四川省委托涪陵地区代管。
1997年，设重庆直辖市，南川市隶属重庆市。
2006年10月，设立重庆市南川区。