宋、元、明、清时期，均属酉阳土司管辖区。
清雍正十三年（1735年），“改土归流”后，属酉阳县上下里。
民国十七年（1928年），为北五乡，属酉阳县第三区。
1952年3月，北五乡划入黔江县第七区，分设马喇乡、早化乡、官庄乡。
1953年3月，由马喇乡析置印合乡。
1956年4月，官庄、印合乡划入马喇乡。
1958年5月，改建马喇公社。
1961年2月，马喇公社析置官庄公社。
1984年2月，撤马喇公社更名为马喇乡。
1988年8月，撤马喇乡改设马喇镇。
2001年11月，小庄乡并入马喇镇。