民国三十七年（1948年），小南海镇境域属团石、莲塘、泽随、詹家4个乡。
1950年2月，属团石、箬塘、后周、詹家4个乡。
1956年2月，属团石、雅周2个乡。
1958年9月，属团石、箬塘、雅塘3个大队。
1960年2月，改属塔石、箬塘、雅塘3个管理区。
1961年7月，属团石、箬塘、虎头山3个公社。
1983年7月，属龙游、塔石、团石3个区。
1984年1月，分属团石、箬塘、虎头山3个乡。
1992年5月，团石、箬塘、虎头山3个乡合并设立小南海镇。