两河村在新中国成立前，属天桥乡第10保、11保的一部分。
新中国成立后，现两河村大坪部分属农林小乡，两河部分属庙坝小乡。
1957年，建农业高级社时，由大坪部分与庙坝村的两河口部分，大坝村的新桥部分合并建立两河高级社。
1962年，分为两河大队、大坪大队。
1984年5月，分别改称为两河村、大坪村，隶属两河乡。
1984年9月，两河乡更名为南天乡，隶属南天乡。
2001年12月，撤乡建镇，设立石林镇，隶属石林镇。
2004年9月，村组建制调整时，大坪村、两河村合并称两河村。