民国时期属百顺乡第5保。
1951年属里仁乡三元村；1953年8月三元村划入斑竹乡，仍为三元村；1954年1月撤斑竹乡并入里仁乡，辖三元村；1958年9月为里仁公社三元管区；1961年改称三元大队；1964年7月撤里仁公社并入鸭江公社，为鸭江公社三元大队；1984年1月撤鸭江公社建鸭江乡，为该乡三元村；1992年9月撤鸭江乡设置鸭江镇，仍辖三元村；2004年6月斑竹村并入三元村。
三元村村民委员会于2004年村镇建制调整中成立，地名沿用至今。