巫山县早在五千年前便为人类所开发，境域属荆、梁二州之城。
春秋为夔子国地；战国时，建设巫郡。
秦昭襄王三十年（前277年）废巫郡，置巫县，隶属黔中郡。
西汉时，巫县属南郡。
东汉延康元年（220年）隶属新城郡。
三国吴永安三年（260年）以巫县为郡治，置建平都，领巫县、北井等6县。
西晋泰康元年（280年）增置江阴县（今大昌公社）；东晋又置南陵县。
南朝·宋元嘉时省南陵县入巫县；北周因避文帝之讳，改泰昌县为大昌县，并分建平郡之大昌、北井2县置永昌郡；天和元年（566年）北井县入大昌县，废永昌郡，建平郡增置江阴县，废建德。
隋开皇三年（583年）置建平都，改巫县为巫山县；大业年间巫山、大昌2县属巴东郡。
唐时，巫山县、大昌县隶属夔州，为山南东道所辖。
北宋端拱元年（988年）大昌县改属大宁监；南宋嘉定八年（1215年）移至水口监。
元至元二十年（1283年）大昌县并入大宁州。
明洪武四年（1371年）复置水口监，后因民少，并入大宁县；永乐初（1403年）复置大昌县，改属夔州府。
清康熙九年（1670年）大昌县并入巫山县。
1912年后，巫山县隶属四川省东川道，县下分设东、南、西、北4个乡区。
1935年废道，巫山县属四川省第九行政督察区，县下设3区、18乡（镇）、242个保、2980个甲。
1949年12月2日巫山解放，属川东行署万县专区所辖，县以下设1镇、4区、18乡（镇）。
1952年3月，湖北省建始县的铜鼓乡划入巫山县，全县分为9个区（序数名），一个镇，22个乡（镇）。
1953年4月，撤销川东行署，恢复四川省，巫山隶于四川省万县专区；全县22个乡（镇）划为60乡（镇）；同年九月，大乡划小乡，又将60个乡（镇）划为140个乡（镇）。
1955年2月，原七区（今福田）、八区（今双龙）并入二区（今大昌），同时改序数区名为中和、大昌、大庙、官渡、河梁、骡坪、官阳7个区；同年，将140个乡（镇）合并为62个乡（镇）。
1956年4月，全县调整为53个乡（镇）。
1957年2月，又调整为57个乡（镇）。
1958年10月，人民公社化，全县共成立33个人民公社。
1961年4月，从大昌划出部分区域置双龙区，同时增划24个人民公社。
1962年5月，从大昌区析出部分区域增设福田区，又增划7个人民公社。
1979年4月，恢复区公所名称，1980年9月，产生了人民公社管委会，县设置人大常委会，县革命委员会改为县人民政府。
1981年6月，对全县在地区内重名的12个区、社、镇和县内重名的128个生产大队以及巫峡镇的居委会、街道变更了名称。
1984年4月，恢复乡、村建制，将64个人民公社改为64个乡，其名称不变。
1985年2月，将大昌乡改为大昌镇，庙宇乡改为庙宇镇，实行镇管村。
1987年10月，秀峰区的秀峰乡撤销，所管区域合并巫峡镇，实行镇管村。
1991年3月，巫山县辖9区、61乡、3镇（巫峡、大昌、庙宇）、565个村民委员会、4614个村民小组、10个居民委员会、73个居民小组。
1992年10月，巫山行政区划作较大调整，撤销3个区公所（福田、大昌、大庙）、34个乡，新建8个镇（双龙、福田、龙溪、官阳、骡坪、抱龙、官渡、铜鼓），扩大8个乡、3个镇的行政区域，保留6个区公所、19个乡。
将现有9个区、61个乡、3个镇调整为6个区公所、27个乡、11个镇，共设38个乡（镇）。
1995年9月，巫山县新建10个乡，调整后，为6个区、11个镇、37个乡、566个村、4614个村民小组、18个居委会、73个居民小组。
2002年12月31日，撤销巫山县邓家乡和红椿乡，设立邓家土家族乡和红椿土家族乡。
2003年11月，调整为11镇、30乡，撤销洛阳、雪花、大山、鸳鸯、望霞、五龙、何淌7个乡。
2004年6月至2005年3月，巫山县的乡镇建制由41个乡镇调整为26个乡镇。
其中，撤销了15个乡，调整了8个镇、4个乡行政辖区范围，3个镇、11个乡行政辖区范围和政府驻地不变。
2005年5月，巫山县辖11个镇、15个乡、315个村、2427个社、27个居委会。
2009年8月，庙堂乡所辖区域整体划归平河乡管辖，调整后的平河乡面积133.8平方千米，辖6个村，乡政府驻燕翅膀（原址）；调整后，巫山县共辖25个乡镇，其中14个乡、11个镇、308个村、30个居委会。
2011年7月，撤销龙井乡，调整巫峡镇范围，设立高唐街道和龙门街道。
巫山县共辖26个乡镇（街道），其中11个镇、13个乡、2个街道。
一直沿用至今。