北宋政和四年（1114年），境域西南置平茶洞，县境内首领建有邑梅、平茶、石耶等，号称土知府。
南宋淳祐十二年（1252年），境域内先后建邑梅宣化军民府、平茶承化军民府、石耶顺德军民府。
元大德六年（1302年），改邑梅为佛乡洞长官司。
明洪武八年（1375年），置平茶洞长官司和溶溪芝麻子坪长官司；永乐元年（1430年），割石耶司地（今莲花、三合一带）置地坝洞副长官司，逐渐形成秀山地区历史上有名的“百里四司”，即平茶洞长官司、邑梅洞长官司、石耶长官司及地坝洞副长官司。
乾隆元年（1736年），始置秀山县，县治驻三合场（今三合小学处）。
1949年11月20日，建立秀山县人民政府，1983年11月7日，建立秀山土家族苗族自治县。