1949年初命名深溪村。
1953年属深溪乡领有。
1955年深溪乡撤销，归苦竹乡领有。
1958年名深溪管区。
1961年名深溪大队。
1984年改为深溪村。
2001年撤销苦竹乡，深溪村隶江丰乡辖。
2003年12月深溪村3-10、13-15组和岩口村2-5组、和鲤鱼村合并为深溪村，隶江丰乡；深溪村1-2、11、12并入五育村，隶龙潭镇。
2010年撤江丰乡，其村隶龙潭镇。
2012年改设深溪社区，隶龙潭镇，2017年恢复为深溪村，名称沿用至今。