云阳建县2300多年，历史悠久。
东周赧王元年（前314），秦国在原巴国置巴郡，其所辖“朐忍县”（辖今梁平、万州、开县、云阳等地）为云阳建县之始，县治万户驿（今云阳县双江镇建民村）。
北周天和三年至六年（568-571），朐忍县迁至汤口（今云阳县云阳镇），更名为云安县。
宋开宝五年（973）在云安县建云军，领云安县及云安监。
至元十九年（1283）改云安军置云阳州，省云安县。
明初于县、州、府之上设“道”。
洪武三年（1371）改“路”为“府”，云阳州隶属下川东道夔府。
洪武五年（1373）十二月将云阳州设为县，定名为“云阳县”。
洪武九年（1376年），废行书中书省，夔府降为夔州，云阳县改隶重庆府。
洪武十三年（1381），夔州复升为府，云阳仍为其属县。
清朝分全国为18行省，四川境域未变。
嘉庆年间，地方行政组织又增加“道”一级，以“道”辖该地区府、州、厅、县。
1949年12月6日云阳县城和平解放，其后云阳先后隶属四川省万县地区（市）、重庆市万县（州）移民开发区代管；2001年7月14日重庆直辖，云阳隶属之。
因云阳镇地处古滑坡及三峡工程建设，1999年9月28日，县治由云阳镇迁至双江街道。