战国后期，属江州县。
南朝齐永明五年（487年），属垫江县。
北朝北周保定元年（561年），撤销垫江县置巴县，境域属之。
民国十八年（1929年），重庆建市，境域属之。
民国二十四年（1935年），属重庆市第三区。
1955年11月，第一区改称市中区，属之；同年，建立王爷石堡街道。
1958年3月，王爷石堡街道改称南纪门街道，同时，宝善寺街道并入。
1958年9月20日，金马寺街道和中兴路街道大部分地区并入南纪门街道。
1960年3月，南纪门街道改为南纪门公社。
1962年7月14日，南纪门公社复改为南纪门街道。
1968年10月14日，南纪门街道改称长征路街道。
1972年12月15日，长征路街道复更名南纪门街道。
1987年6月，储奇门街道并入南纪门街道。
1995年后，属渝中区。