浦南历史悠久，早在原始社会就有人类活动。
唐总章二年(669)陈政率府兵平蛮啸乱，就是从浦南香州(今溪园村)渡江，进军龙溪县。
唐景龙二年(708)在浦南创办松洲书院，系全国最早的讲学书院。
清代驻有绿营旗，设检查站，称浦南汛。
明、清时期分属龙溪县二十三四都。
1935年属龙溪县第五区(浦南区)的南洲镇(辖8保)、沧浦乡(辖8保)；1947年属龙溪县浦南乡，辖13保。
1949年9月，属龙溪县第五区;1950年11月，属龙溪县第八区(浦南区);1956年3月，属龙溪县石亭区的浯沧乡、鳌浦乡、宏道乡、浦南镇;1958年9月，属龙溪县星火公社;1959年3月，属浦南公社;1960年8月浦南公社属龙海县，1961年6月，由龙海县划归县级漳州市，析为浦南、浦林2个公社;1980年8月，浦南、浦林合并为浦南公社;1984年10月，撤销公社设浦南镇人民政府。
1985年7月，县级漳州市改称芗城区，浦南为区辖镇。