宋属龙溪县永宁乡新恩里一都、二都、三都。
明嘉靖四十五年（1566年）置海澄县，辖之，为第四里第三都。
清设5保：永昌保（统古楼、上窑、青礁、过田、田厝、官宅、卢堂、鸿江、柯井、渐美、卢坑、后安、院前、龙店（今宁店）等村）、集兴上半保（统大埕、后山尾、温厝、马垄、石仓、石囷、陵坑（今宁坑）、长园、肖坑、草仔尾、毛蟹广、山后等村）、集兴下半保（统衙里、后井、内坑、石甲头、澳头、蓝尾（今林尾）、前庵（今贞庵）、京口、寨前、嵩屿等村）、崇隆保（统海沧街、庙兜、大路头、东坑、郭厝、下尾、水头、英厝、排头、埭头、蔡岭、吴贯等村）、新垵保（统新垵、霞阳、许厝、惠佐等村）。
1940年海澄县划为四区，三都地区属第四区，驻海沧，领1镇2乡：沧江镇（路头、大街、横街、新街、山仰、柯井、青礁、院前、古楼、囷瑶10保）、金钟乡（锦里、内坑、贞庵、嵩屿、石仓、温厝、渐美、钟山、东屿、石塘10保）、新霞乡（鳌冠、霞北、霞西、东社、海墘、巷内、上丘8保）。
1942年7月海澄县第四区改海沧区。
1945年撤海沧区，沧江镇、金钟乡、新霞乡直隶海澄县。
1946年5月调整乡镇保甲，三都有海沧乡、金霞乡。
海沧乡有路头、大街、横街、新街、山仰、柯井、青礁、院前、古楼、囷瑶、锦里、内坑12保；金霞乡有贞庵、嵩屿、石仓、温厝、渐美、钟山、东屿、石塘、上丘、东社、巷内、霞东、霞南、鳌冠14保。
1950年废除保甲制，仍属第四区。
1952年辖海沧、青礁、囷瑶、锦里、贞庵、温厝、渐美、石塘、东屿、鳌冠、霞阳、新垵12乡。
1955年第四区改名为海沧区，辖有海沧、囷瑶、锦里、石塘、新垵5乡。
1958年4月撤海沧区并设海沧乡、新垵乡。
1958年8月，海澄县与龙溪县合并为龙海县，同年10月原海澄县的海沧乡、新垵乡划归厦门市郊区，设海沧公社。
1961年10月，海沧公社析设锦里、渐美公社，1964年5月，锦里、渐美公社复入海沧公社。
1978年海沧公社新垵、霞阳2大队划属杏林区。
1984年改为海沧乡，1986年12月撤乡改为海沧镇。
1987年7月，厦门市郊区更名为集美区，辖之。
1995年10月划归杏林区，辖之。
1997年1月从杏林区划归海沧台商投资区。
2003年8月厦门市行政区划调整，杏林区更名为海沧区，仍辖之。
东孚镇、天竺山林场、第一农场区域宋属同安县明盛乡积善里。
明清属积善里十七都、十八都。
民国初属十七都田央、山边、谷山、霞美、北洋、留塘、莲升堂、中孚、林埭、水头、湖浦11保，十八都孚中、山坪洪、龙屿、龙门田头、黄林、圆湖樟埭6保。
1939年属第三区（驻灌口）角尾乡角尾、东孚、莲花、东浦、山边、孚中6保，鼎山乡水头、鼎美、凤山、贞岱、东瑶、后祥6保。
1942年属角尾乡（鼎山乡并入）白礁、金山、鸿渐、寮东、锦宅、角尾、东孚、莲花、水头、鼎美、后祥11保。
建国初撤保建乡，1952年10月东孚区有12乡。
1955年10月增至17乡。
1956年6月并乡，为东孚乡、鼎美乡。
1957年4月划归厦门市郊区。
1958年10月为郊区东孚公社过坂、山边、东浦、贞岱、凤山、后祥、鼎美、芸尾、东瑶9大队。
1959年10月至1960年5月，东瑶、后祥、鼎美、芸尾大队先后划入第一农场。
1962年，山边大队析置寨后大队，东瑶大队复归东孚公社。
1970年初后祥、鼎美、芸尾大队复归东孚公社，时后祥大队拆分为后柯、祥露2大队。
1984年10月，东孚公社改乡（1991年改镇），大队改村委会。
1987年7月郊区更名集美区，过坂村析设莲花、洪塘村委会。
1996年，东孚镇改隶杏林区。
2000年祥露村改属海沧镇。
2003年8月杏林区更名海沧区，辖之。