明代属隆兴都。
清袭明制，1931年-1934年设瓜溪乡苏维埃政府。
1935年属隆兴联保，1939年属隆兴乡，1941年5月设瓜溪保属隆兴乡。
1950年解放前称隆兴乡瓜溪保，1952年称第六区瓜溪乡，1955年10月称瓜溪乡属大源，1957年9月设瓜溪乡，属万安区。
1958年10月属红旗人民公社，1959年9月设瓜溪大队，属万安公社。
1961年10月改属余坊公社，至1984年9月成立瓜溪村民委员会，隶属余坊乡。