南唐李暻中兴元年（958），升永安场为建宁县，始命名为水南，沿革至今。
民国时期设水南保。
中央苏区时期其间，1931年6月成立水南乡革命委员会，1932年11月经选举产生“水南乡苏维埃政府”。
1950年2月11日成立水南村委员会，1951年2月成立水南乡人民政府，1956年8月成立水南乡人民委员会，1958年成立溪口人民公社水南大队，1960年成立建宁综合农场邹家耕作管理委员会，不久更名为水南耕作区，1968年11月12日成立建宁县综合农场水南耕作区革命领导小组，1970年12月，改为城关公社水南大队革命领导小组，1976年12月，综合农场恢复建制，1977年1月成立综合农场水南管理区，1981年，始改称国营建宁县综合农场水南大队管委会。
1991年5月19日成立建宁县综合农场水南村委员会，2007年10月属濉溪镇水南村村民委员会。