早在青铜时代，九都镇域内就有人类生息，贵村溪尾山遗址曾发掘出石锛、砺石、夹砂黑陶片。
宋代属霍山乡水漈里。
明代设乡、里、都、图，现九都地域包括明代时九都部分及十都大部。
清代沿之。
民国时期，九都初属二区，设有九邑乡。
后属霍童镇。
1949年解放初期隶属于八都。
1958年8月，设立九都人民公社。
1961年8月，撤销人们公社，改称九都区。
1966年7月复立九都人民公社。
1984年10月，撤销公社建制，成立九都乡。
1992年1月，改为镇建制。
1967年之前公社机构驻九都村，1967年之后迁扶摇村。