历史唐代，该镇分属于闽县双桂乡、凤池乡、灵芝乡。
宋、元、明、清各代分鼓山镇，属闽县凤池西乡、凤池东乡和晋安西乡。
清末分属闽县东三区（东山区）的归善里、瑞圣里、双溪里和鼓山里。
民国时属闽侯（林森）县二区（闽安镇区）的松鼓乡（前期为松亭乡、鼓麓乡）和双岳乡（前期为双峰乡、岳峰乡）。
1949年12月，划归福州市管辖，设立鼓山区。
1955年5月鼓山区被撤销后，原所辖各乡先后由郊区行政办事处和福州市人民委员会直接领导。
1958年成立鼓山人民公社（1959年7月之前，称为福州市郊人民公社鼓山分社）。
1960年3月，复置鼓山区。
1969年11月，鼓山区改称鼓山人民公社。
1970年2月，鼓山公社并入赤卫（台江）公社，划归赤卫（台江）区。
1973年10月，从赤卫公社析出，又与东风（鼓岭）公社合并为新的东风公社。
1975年3月，原东风（鼓岭）公社划出后，又恢复鼓山公社。
同年5月，划归郊区。
1984年9月撤社建乡，1992年9月撤乡建镇。
1996年，郊区改称晋安区，鼓山镇属晋安区。