斗顶村的建制沿着时代发展不断变革，唐时隶属于闽县宁基里。
宋、元至明代中叶属怀安县。
明代下叶和清代归属侯官县。
清末，属侯官县富村区。
民国时期，属闽侯（林森）县五区（新店区）。
中华人民共和国成立后，1949年12月属福州市洪山区胜华乡。
1955年9月属战坂乡。
1961年称斗顶大队，属战坂大队。
1978年称斗顶大队，属环城区新店公社。
1984年称斗顶村设立村民委员会，属郊区新店乡。
1992年称斗顶村，属郊区新店镇；1995年称斗顶村，属晋安区新店镇。