桂山村的建制变革随着新店镇历史的变迁，唐时隶属闽县宁基里，宋、元至明代中叶属怀安县；明中叶以下和清代归属候官县；清末，属候官县富村区；民国时期，属闽侯（林森）县五区之一的新店区。
上世纪50年代初，桂山村成立8个农业合作社互助组，1958年人民公社化时成立新店公社桂山大队，后又隶属福州郊区、鼓楼区（红卫区）、环城区管辖，1983年又回归福州郊区新店乡，成立福州郊区新店乡桂山村委会。
1996年福州市成立晋安区后隶属晋安区新店镇。