境内辖地唐代属闽县，宋、元两代属怀安县，明代属侯官县，民国时期属闽侯（林森）县五区（新店区）。
中华人民共和国成立以后，属洪山区；1952年析出，成立新店区，隶属福州市郊办处；1955年撤区建乡，境内辖地分设战坂、溪里、湖前、西园四乡，1957年郊办处撤销，境内辖地分设湖前、战坂两乡；1958年成立福州郊区人民公社新店分社，1960年改新店区，1969年改新店人民公社。
1970年，新店公社划归红卫（鼓楼）区，1975年划回郊区，1977年8月改属福州蔬菜生产管理区（后称环城区），1982年复归郊区。
1984年改新店乡，1992年改新店镇。
1996年，福州市区划调整，郊区改称晋安区，新店镇归属晋安区。