琴亭村的建制沿着时代发展不断变革，唐时隶属于闽县。
宋、元至明代中叶属怀安县。
明代下叶和清代归属侯官县。
清末，属侯官县西园区。
民国时期，属闽侯（林森）县五区（新店区）。
中华人民共和国成立后，1949年12月属福州市洪山区。
1952年底属新店区。
1955年5月属战坂乡。
1958年9月属新店人民公社。
1960年3月重建新店区、改为胜利生产队。
1969年11月区公所改为公社战坂大队胜利生产队。
1970年2月属红卫(鼓楼)区战坂大队胜利生产队。
1975年5月属福州郊区磐石大队琴亭生产队。
1982年8月复归福州郊区磐石大队琴亭生产队。
1984年9月废社建乡为新店乡琴亭村委会。
1992年至今属新店镇。
琴亭村委会设在东浦路村中段位置。