马尾历史悠久，西周时，境内属七闽地。
秦时属闽中郡。
西汉时属东冶，东汉光帝建武元年（公元25年）各地商船经过马尾来往福州，开始了水上贸易，马尾一带人口渐繁。
属侯官。
晋代属原丰县，从隋朝至清末，属闽县。
民国时期归属闽侯县管辖。
唐乾元元年（758年），长乐郡改为福州，领闽县、侯官等8县。
宋太平兴国六年（981年），今马尾地区分别归属晋安东乡和安仁乡。
元明时期不变。
明宪宗成化十年（1474年）市舶司从泉州移设福州，琉球商人纷纷经马尾赴榕，马尾港的地位更为突出。
清代末年，闽县撤乡建区，共分为11区，今马尾地区分别属于琯江区，马江区，嘉屿区。
1980年鸦片战争，各国兵商船来福州均停泊于马尾港。
1866年，洋务派在马尾创办船政。
1884年在马尾爆发中法海战。
民国初叫马江镇，解放前属林森县第二区，设马江镇公所。
1949年马尾区解放。
1951年设马尾镇人民政府，属闽侯县第三区公所。
1982年设马尾区，直属福州市。
1984年在马尾设立经济技术开发区。
1991年3月国务院批准设立福州高新技术产业开发区马尾科技园。
1992年11月国务院批准在马尾设立福州保税区。
1993年1月国务院批准福州经济技术开发区沿闽江北岸向快安延伸，1995年12月马尾街道更名为罗星街道，1996年马尾区辖罗星街道和马尾、亭江、琅岐三镇。
2000年设立琅岐经济区，并沿用至今。