唐代属闽县晋安乡海畔里。
宋代属闽县晋安东乡，里名不变。
元代，海畔里与海曲里(壶江、川石岛，现属连江县琯头镇)合并为嘉登海曲里。
明代，改为嘉登里。
清代，为闽县东南二区嘉屿区。
1934年属闽侯县四区；1935年改属闽侯县二区；中华人民共和国成立后，1949年8月17日琅岐设闽江口军民办事处。
同年12月琅岐属闽侯县二区。
1954年11月，二区辖闽琅镇和衙前、三平、吴庄、海屿、云龙、金砂、凤窝、龙台、公婆等乡。
1956年6月，琅岐划归连江县，同年，10月又划归闽侯县。
1958年8月，琅岐拆区并乡，改为琅岐镇；同年11月成立琅岐人民公社。
1961年11月，琅岐由闽侯县划入福州市郊区。
1963年6月，琅岐设区公所，辖10个人民公社、36个生产大队。
1970年，琅岐从福州市郊区划入连江县。
1975年12月，从连江县划归福州市郊区。
1984年，琅岐人民公社改为琅岐乡。
1991年10月，琅岐乡改为琅岐镇，辖9个管理区，39个行政村，1个居民委员会。
1995年11月，琅岐镇划入福州市马尾区。
2009年辖1个社区居委会，27个行政村。