明溪历史悠久，远在新石器时代已有人类在渔塘溪一带繁衍生息，创造自己的文明。
县境秦属闽中部，西汉属闽越地，东汉为会稽南郡。
三国属吴建安郡，晋属晋安郡，隋代属邵武、绥城地域，唐、五代至宋代属汀洲和南剑州及邵武地，宋设清流县明溪镇（驿）。
明成化六年（1470年）以明溪镇，取将乐、沙县、泰宁、宁化和清流部分地置县，初名归化是“因有古归化地在其中”及归顺朝廷成化之意。
在这前后，由于战乱、灾荒等诸多因素，大举南迁的中原汉人，历经长途跋涉，几经辗转之后，陆续在县境内居住，这里因而成为中原汉人聚居地。
客家人以先进的生产技术和发展的文化，促进明溪地方农业和冶炼业的发展。
500多年来，主客和睦相处，共同建造家园。
清代至民国初，明溪属汀州府、汀漳道。
民国20年（1931年）为苏维埃福建省归化县革委会，列入中央苏区版图；民国23年成立福建省归化县苏维埃政府，后又隶属闽赣省苏维埃政府。
民国22年5月，因与绥远城和云南紫云县同名归化，就更改县名。
以境内的渔塘溪将城区分成大小阜，两阜相对如“明”字，故更名明溪县。
抗日战争时期属福建第七、九行政督察区（长汀、永安），解放战争时期属福建永安行政督察区，1949年10月24日明溪和平解放后属永安专区。
1956年与三元县合并，称三明县，属南平专区。
1961年恢复明溪县建置，隶属三明专区（地区），现为三明市辖县。