宋代属永宁乡仁寿里。
元、明属寿宁乡仁寿里十二都。
清代，莲埔、溪坪、峰洋等10个自然村属淳化乡。
民国初属第四区五团，后属二区双芝乡。
1949年9—12月成立双溪乡，辖溪村、上莲、石丰、秋园4个保。
1950年设石丰、上莲、溪村3个乡属第四区。
1958年设上莲、溪村、石峰3个大队属池园公社。
1961年由池园公社分设上莲公社。
1964年又并入池园公社。
1980年复分设上莲公社。
1984年7月改为上莲乡人民政府。
2004年7月28日，福建省人民政府批复同意闽清县后佳乡、佳头乡并入上莲乡，保留佳头农场，受上莲乡党委、政府领导和管理，设立后佳办事处。