宋朝时期为太平乡崇教里、施兴里。
元、明、清分别隶属四十一、四十二、四十四都。
民国年间置延平乡。
1949年解放后先后编为十一区、十七区，1958年成立石井公社，1984年改为石井镇。
隋代就有人于渔耕生息，唐辟“海上丝绸之路”，宋设“石井津”置“巡检司”，明建“靖海寨”筑“烟墩铳城”，清初是郑成功屯师复台基地之一。
清顺治十八年（1661年）重划归南安县属，民国初设延平乡，后改为石井镇。
石井其有浓厚的历史文化积淀，宋理学家朱熹曾多次到石井杨子山书院讲学，故有“理学渊源开石井”的赞誉。